台灣黴菌實驗中心（Taiwan Mycology Reference Center, TMRC）的宗旨是建立網站及交流平台，提供黴菌相關研究之資訊，舉辦研討會，進行全國性監測，提供與黴菌感染相關之服務，以協助醫療院所黴菌感染的防治，進而提昇國人的健康。
黴菌可能引起局部的表皮感染，也可能在免疫不全病人及少數的健康人引起致命感染。全球黴菌感染資料有限，且普遍低估因為診斷不容易。據估計全球約有1,000,000,000皮膚感染的個案，每年則約有1,350,000病人死於侵襲性黴菌感染。再者，黴菌感染增加住院天數，也造成社會與醫療成本的額外負擔。目前抗黴菌藥物種類選擇雖已增加，但仍有諸多藥物動力學或動態學特性之限制，加上病人免疫不全等宿主因素，要有效治療仍充滿挑戰。近年抗藥性菌增加更令人擔憂。因此，防治黴菌感染需要大家的重視，及更多的跨領域合作。
感染症流行病學須關注國際情勢，更需要參考本土資料，以訂定衛生政策及建立治療指引。黴菌學因台灣的地理位置、環境氣候與醫藥政策有其獨特之處，本土資料尤其重要。有鑑於此，國衛院於1999年開始進行台灣黴菌抗藥性監測計畫（TSARY, Taiwan Surveillance of Antimicrobial Resistance of Yeasts），每四年一次，目前已完成六期臨床菌株收集及分析，結果陸續發表在國際期刊。另外，也於2016年開始台灣絲狀黴菌抗藥性監測計畫（Taiwan Surveillance of Antimicrobial Resistance of Molds），以了解麴菌抗藥性現況。
此外，台灣各醫療院所黴菌感染發生率及菌種分布相差大。然而，各醫療院所檢驗單位對黴菌的重視度及熟悉度遠遠低於細菌，鑑定僅限於少數特定菌種，且只有少數醫院針對yeast提供抗黴菌藥物感受性測試。Candida auris 是近年來在亞洲新興崛起的多重抗藥黴菌，數年間五大洲皆有感染個案發生，且於英國、美國等國家的醫院產生群聚感染。面對 Candida auris 的威脅，更顯示位於第一線醫院檢驗室須保持警覺及具備偵測疑似菌株能力的重要性。在此E世代，為讓國人，尤其是從事與黴菌感染相關人員能快速搜尋到與黴菌相關之資訊，我們將集合台灣在黴菌感染相關議題的專家及學會，籌備與執行台灣黴菌實驗中心，並建立友善網站。並依需求對各醫療院所開設與黴菌感染相關之再確認性質的服務或對未知的進行研究，如菌種分離與鑑定、菌株對常用抗黴菌藥物的感受性測試等。另外，本中心期望能藉由推動合理用藥，確保醫用唑類藥物於治療黴菌感染症的臨床療效，推廣人類與環境「防疫一體」（One Health）的概念，為國人健康把關。